チャールズ・ダーウィンがビーグル号の世界周航に同乗し、この島を訪れて進化論の着想を得たことで有名である。当時の記録は、彼の『ビーグル号航海記』で読むことが出来る。島には彼を記念した研究所「チャールズ・ダーウィン研究所」が1964年に開設され、現在でも、野生生物の保護・調査に当たっている。
彼が進化説の着想を得たのは、特異な島の動物相と共に、島ごとに種分化が起こっていることを発見したことによる。また、このような経過から、特異な生物相を持つ島嶼のことを「○○のガラパゴス」と呼ぶことがある。
日本では琉球列島や小笠原諸島がそう呼ばれるが、琉球列島はかつて大陸や日本列島と陸続きで、そこから侵入した生物相が元になっている点、海洋島へ漂着した生物を起源とするガラパゴスのそれとは性格が異なる。したがって、その意味では小笠原をこう呼ぶ方が理にかなっていると言える。
